卡勒姆林奇(迈克尔法斯宾德饰)在行刑前醒来，发现他被索菲亚(玛丽昂歌迪亚饰)选中，参与一项可以将人类从暴力冲动中解放出来的计划。虚拟现实机器Animus可以让用户体验对祖先的记忆。被绑在机器上后，卡勒姆林奇意识到他是生活在西班牙宗教裁判所的刺客阿格拉的后代。他们在寻找可以控制自由意志的伊甸园苹果。在索菲亚的父亲艾伦(杰瑞米艾恩斯饰)施加的压力下，他不情愿地操纵卡勒姆林奇回到过去寻找现代世界中伊甸苹果的下落，威胁到了他的身心健康。但是在同为杀手的穆萨(迈克尔威廉姆斯饰)暗示卡勒姆林奇，提醒他艾伦可能有不纯洁的动机后，卡勒姆林奇开始重新考虑他的行为和动机，人类自由意志的命运变得扑朔迷离.