蚂蚁男孩佩尔吸引了前所未有的关注。他打败了他的敌人跳蚤，现在跳蚤被关在一个研究所的监狱里。里佩尔转眼就13岁了，他已经习惯了做超级英雄。在理想情况下，佩尔的伴侣阿达会是他的女朋友，但现实很复杂。阿达现在有了一个意想不到的对手，那就是学校里的一个小男孩。这个小男孩独来独往。他不仅不停的阻止阿达接近佩尔，还是一个比跳蚤还不如的对手。更可怕的是，佩尔逐渐发现自己被控制了，但现在他遇到了一个新的更强大的敌人，这个敌人拥有隐形技能，难以琢磨，经常让他陷入困境。这时候一个超级反派也公布了，佩尔面临着前所未有的挑战。