城市恢复平静后，大反派重整旧部卷土重来，与外星恶势力兰格勾结，试图称霸地球。忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多那太罗、米开朗基罗与女记者艾普丽尔奥尼尔、韦恩芬威克、蒙面义警凯西琼斯并肩作战，对抗反派。在逃离石的拘禁后，他与疯狂的科学家巴克斯特托克曼以及他的两个笨手笨脚的得力助手猪面和牛头联手发表了一篇《当海龟们与石及其同伙对抗时，他们发现自己面对的是一股更加邪恶的力量——恶棍格兰特，而海龟们将面对的是一个宇宙间强大的对手。