故事发生在战国时期。出生于三流贫苦忍者家庭，年幼的坦太郎(加藤清四郎饰)肩负父母的期望，进入了由天才忍者大川浩史(平干二朗饰)最早创办的一流忍者学校————忍者学院。现在他虽然老了，但武功依然高超，而且还在不断地玩花样。他还带领忍者学院和他的劲敌藤田八芳斋(松方弘树)一起推出了一系列atrix。忍者学院的学生被称为“忍者的蛋”(简称“忍蛋”)，銮太郎入读一年叶组(一年组)。在这里，他认识了新成员魏(木村丰饰)，一个富商的儿子，和吴万(林饰)，他们的父母都被杀害了。三个小家伙组成了一个根深蒂固的三人组，从此他们满脑子都是补习、重考和某天，出生在理发师家庭的齐藤万英(沟口拓也饰)和他的父亲齐藤兴隆(鹿贺丈史饰)在家中遭到刺客万寿鸟(竹中直人饰)和土寿鸟(石垣莫忧饰)的袭击。原来，齐藤父子曾是八芳斋毒竹忍者团的成员。虽然他们已经离开了这个邪恶的组织，但天剑仍然紧追不舍，并发誓要杀死齐藤父子。在这个紧要关头，导演和八芳斋约定决斗。只要忍者学院能冲进毒竹山，敲响大明寺的钟声，天剑就会彻底抛弃齐藤父子。俗话说，初生牛犊不怕虎。在高年级学生的支持下，一年级的孩子们决定挑战这场艰难而危险的决斗。一方面是学校一年级新生，一方面是有着丰富实践经验的职业忍者。他们能赢得最后的胜利吗？