19年后，印第安纳州的琼斯博士(哈里森福特饰)再次出发，旨在将埃克托王国丢失的水晶头骨骨归还原处。传说归还圣物的人会被赋予巨大的力量。在琼斯的老朋友奥克斯发现水晶头骨之前，这一切都只是传说。但后来奥克斯不知何故失去了理智，落入了苏联特工的手中。第一个无情的间谍伊琳娜(凯特布兰切特饰)被所谓的神秘力量深深吸引，她胁迫琼斯一行人和她一起去亚马逊盆地寻找黄金城艾克托的失落王国。在秘鲁的密林中，琼斯等人与苏军展开了酣畅淋漓的战斗，伴随着沼泽、食人蚁、原始土著的攻击等致命威胁。当他们最终踏入密室的那一刻，世界上最奇怪的景象出现了.