《清晨追剿》主要描述了郭晓峰主演的国民党上校处长“王昌”，受过专业训练，孤傲、冷漠，解放前为了党国的利益，非常残暴地对待共产党，当国民党失败后逃往台湾时，他决然地撕掉机票留在内地，决心埋伏下来而对新中国实施不断的破坏，用共产党的办法对付共产党……