邪神加坦杰与奥特曼蒂亚的决战结束后，人类世界迎来了两年的和平。这一天，入间队长和GUTS考古队来到了南太平洋的陆艾古遗址。他们重新发现了超级古城的废墟和希特勒、达勒姆以及三体克苏鲁女领袖的石像。入间强烈反对迁移古迹，但丝毫没有改变上层的决定。最终，三大邪神复活，人类再次陷入危机。同时，阎多可认识柳濑玲奈，马上就要步入婚礼殿堂了。然而，邪神却命令它的爪牙进攻人类世界。失去了奥特曼力量的大古，面对眼前的危机，束手无策。