第二集，尼奥没能从内部摧毁“母亲”。他的身体在现实世界的飞船上处于昏迷状态，但他的思想被困在“母亲”和现实世界之间的中间地带。这个地方由“火车人”控制。墨菲斯和崔妮蒂等人知道了尼奥的情况，在守护天使的指引下，找到了“火车人”的控制者梅洛芬奇。经过一番激烈的争吵后，尼奥获救了。此时，E-squid部队对锡安展开了猛烈的攻击，人类组织的所有机甲展开了顽强的抵抗，局势岌岌可危；尼奥和三一驾驶飞船克服重重困难，到达了机器城。尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器皇帝”。双方谈判达成协议：尼欧除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在《黑客帝国》中，尼奥和史密斯展开了一场关乎人类生存的最后决斗。