在最后一本书的结尾，Neo (Kinu Levi's)终于意识到了自己的能力和使命。中枪复活后，他成了无所不能的“救世主”。他和女友崔妮蒂(凯莉安妮莫斯饰)以及墨菲斯船长(劳伦斯菲什伯恩饰)回到了人类的基地锡安，受到了人们的热烈欢迎。此时，“母亲”决定先发制人，派出25000只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲、尼奥和三一再次进入“矩阵”，寻找“钥匙制造者”，准备从内部摧毁；本该被尼奥消灭的特勤局史密斯似乎有些问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍了尼奥的行动。